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但是，我们也应当看到，我国医疗保险仍存在不少问题，有些问题还非常严重，甚至到了制约经济体制改革顺利推进的程度。这些问题可以归纳为以下几个方面：
1、“以药养医”是目前我国医改所面临的最核心的问题
政府对医疗机构投入资金不足、供给能力弱，又将医疗机构推入市场让其自身适应市场、自负盈亏，这样的做法导致了绝大多数医院不得不选择“以药养医”这种方式来维持医院的正常收入和运行。久而久之，“以药养医”这种方式就变成了医院在市场经济之中追求利益最大化的工具，医疗机构丧失了其公益性的性质，群众看病时的负担越来越重。其实问题的根源就在于政府对医疗机构的投入不够。在2011年，中国GDP总额为47.16万亿元。据财政部发布的《2011年公共财政收支情况》，财政收入为103740亿元，其中医疗卫生支出6367亿元，仅占GDP总额的1.35%，比许多国家的医疗投入比例都低。而且这6367亿元也并不是全花在对每个老百姓的医疗服务上，去除卫生部门三公消费、基建等其他项目外，用在全国百姓和医疗机构身上的，就只剩下20%左右。这使得大多数省份的财政补助占公立医院收入的比例都不到5%，甚至还有低于2%的，这样也迫使医院不得不从药品、器材之中获得资金来维持正常运转。2、医保政策的公平性和多样性有待提高
由于诸多历史性的原因和地区制度差别而形成的医保差别对待依然存在，不同人群和不同地区的医疗水平存在着很大的差距，仍有部分人员由于各种原因未参加医疗保险。各地医保中心都有针对各自地区的政策，造成各地区医保病种、报销比例都存在差异，全国各地区各种险种也缺乏统筹规定和有效的相互衔接。因此，这种全国性的制度的公平性还有待提高。随着社会发展，就业形式呈现多样化，医疗保险的险种需求的多样性逐渐显露出不足。并且参保人员转移工作和地区出现的医保衔接困难、“一卡通”措施不完善的现象，也暴露出对于医保政策多样性的需求。3、医保政策管理制度不够健全
由于我国各地区经济发展水平不同，医疗保险政策分别实行以省、市、县各级分级管理或者以行业统筹为主的分割管理。医保基金共济能力差，无法做到顺利应用于全国。基本医疗保险基金、补充医疗保险基金、大额商业保险基金在应用衔接上缺少协调性，多种医疗保险基金无法最有效地发挥功能。医保资金涉及政府、医疗保险中心、参保人员和医院等环节。时常发生医患关系紧张，参保单位缴纳医疗保险基金不足、参保群众套取个人医保账户资金、骗取医保基金、医疗机构和医药代表的暗箱操作等现象也经常出现。因此，国家需要制定强有力的规定来统筹协调医保资金的使用，以保证我国全民医保事业的可持续发展。4、医保基金风险的可控性需要加强
医疗保险基金是医保制度的主要组成部分。基金的安全可控性是我国医保政策实施成功的前提和关键。我国已经步入老龄化社会，特有的年龄结构在很大程度上影响医保的筹资和收入，老龄化趋势直接导致了医保基金支出的负担并且提高了基金的风险性。特殊类型疾病、老年慢性病、长期住院护理等费用的增加会危及医保基金的可控性。与此同时，随着科学技术水平的不断提高，在医疗领域也随之出现越来越多的新药品、新技术、新治疗手段。这些新技术方法的出现会直接导致医疗费用的增加，使得医保基金支出风险大大增加。医保中心、参保群众和医疗机构组成了三个互相关联的利益主体。参保群众追求医疗服务的最优化，医疗机构追求获得利益的最大化。医保基金也因此存在着不断增长的支出风险。参保群众和医院套取医保基金、医务人员获得药品回扣、诱导患者过度医疗消费等违法现象也时有发生。
5、医疗保险资源分布不合理，费用负担苦乐不均。医疗保险各分制度板块结构的特点，使政府在分配医疗保险资源上受到很大限制，医疗卫生设施部门间、行业间、城乡间的差别巨大，上海、北京、广州等中心城市集中了全国最优秀的医药人才、最先进的诊疗设备，经济欠发达地区医疗设施远远满足不了需要。机关、事业单位以及企业举办的医疗机构，其医疗卫生资源供过于求，利用率低下，浪费严重。而农村的医疗卫生资源严重短缺，供不应求，看病难、吃药难的问题非常普遍，农村这种缺医少药的问题，使一些地方的防病、防疫能力不断下降。以医院床位为例，农村人口占全国总人口75%以上，1995年，城市医院病床占全国医院床位的52.3%，农村占47.7%，城乡医疗服务设施分布极不平衡。我国医疗保险供给是由劳动者所处的经济组织的性质决定的，医疗费用主要由劳动者所在单位进行核算。由于本单位供款、职工年龄结构、身体素质、职业病概率等差异，使单位或企业之间医疗费用负担畸轻畸重，甚至出现医疗费用不堪重负的现象，影响了劳动力的生产和再生产，使企业生存、发展环境恶化，造成企业市场准入规则和竞争机制的扭曲。
6、医疗费用急剧膨胀，“免费搭车”现象严重。我国城镇职工医疗属直接免费型保障，被保险人只需支付微额挂号费，就可直接进入消费领域，参与医疗保险资源的分配，其消费的数额不受限制，这就容易出现小病大治、无病也治、开大方、开人情方、一人看病全家吃药的现象。据有关部门估计，不合理的医疗费用支出约占全部医疗费用的20.3%。1978年，全国职工医疗费用27亿元，1997年增加到 774亿元，增长28倍，年递增约19%，而同期财政只增长6.6倍，年递增约11%，职工医疗费用增长速度远远高于同期财政的增长速度。医疗消费的无节制，导致少数地方医患相互勾结、道德沦丧的情况。有的人到医院开药，到药店套现。有的处方竟能开出电视机、洗衣机等生活日用品。有的地方在医院旁边总有林林总总的药品收购小店。我国医疗费用急剧膨胀的原因，除由于药品、医疗卫生管理体制不顺而造成的以药补医以及医药生产成本上升和药品销售不规范的因素外，上述人为因素不能不引起我们的思考和警惕。
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